懸宕一段時日的中研院院長翁啟惠請辭案昨天拍板。馬英九總統昨命秘書長曾永權拜會翁啟惠，轉達他已決定同意翁三月廿九日所提辭呈，並轉交一封信給翁，據指出，翁也同意並接受。馬總統在卸任前批准已被列為貪汙案被告的中研院長辭呈，也寫下歷史。
總統府隨後公布馬寫給翁的信函，以及馬兩度批示翁辭呈的公文。馬在翁辭呈除批示准翁請辭，並指派副院長王汎森代理中研院長。
馬總統說，他於三月廿八日晚接獲翁自美來電請辭，當即表示以越洋電話請辭如此重要職位並不相宜，應以書面較為妥適；隔天又接到翁傳真辭職信函，他則批示：「中研院為我國最高學術研究機關，其院長之進退，事關重大。請翁院長儘速回國向本人及立法院報告後再予處理，以維護中研院之聲譽並避免外界誤解。」
馬總統告訴翁，這項批示其目的在促請翁宜先回國向他及立院報告後，再由他決定翁的去留，並告訴翁「當時已進入『請辭待命』狀態，諒蒙察及」。
馬說，翁於四月十五日自美返國，先後於當日及廿五日兩次與他會面說明浩鼎案疑義，又於十八及廿七日兩度赴立院就浩鼎案提出專案報告並接受質詢，「應已體察各界對浩鼎案及其去留的高度關注」。
馬總統表示， 因各界對翁因浩鼎案引發的進退問題，多持「應辭職」看法，例如總統當選人蔡英文認為「應尊重 貴院長辭職決定」、李遠哲前院長也表示「應辭職接受檢調調查」、朝野政黨均認為「應立即辭職，靜候司法調查，讓國家最高研究機關盡快回復正常運作」、跨黨派立委也提案要求「立即辭職，靜候司法調查」。
馬總統說，雖翁第二次與他會面時表示此時辭職將造成人事極大動盪，甚或影響我國際聲譽，「然則此一考量，顯係多慮。為維護中研院聲譽，並審酌各界期待」，決定同意翁所提辭呈。
馬總統並告訴翁啟惠，將依機關政務首長辭職通例，立即留任王汎森、王瑜、王惠鈞等三位副院長，並指派其中一人代理院長職務，以維持中研院正常運作至下任院長產生就任為止，絕不致因翁的辭職造成人事動盪，「尚祈釋懷」。
【經濟日報／記者何孟奎、江碩涵／台北報導】
中央研究院長翁啟惠因捲入浩鼎案被檢方列為被告。馬英九總統昨（10）日批准翁啟惠辭呈，但不退回新任中研院長的推薦名單，馬總統表示他將和三位候選人面談，再與準總統蔡英文共商人選。
中研院秘書長吳金洌昨日表示，翁啟惠人事生效後，將由王汎森代理院長，中研院長遴選不受影響，對於馬總統近期將與三位候選人面談，中研院表示尊重總統決定。民進黨則認為，圈定新院長是重大事務，距離馬總統卸任只剩短短九天，倉促進行恐有失周全，建議馬總統「再為商酌」。
翁啟惠於今年3月29日以傳真方式向馬總統請辭，因翁當時滯留美國，馬總統並未同意。翁啟惠返台後被檢方列為被告，馬總統昨天批示，即刻准許翁啟惠請辭。
馬總統也留任三位副院長，並指派副院長王汎森代理院長職務。
馬總統昨天指派總統府秘書長曾永權帶著馬總統的親筆信給翁啟惠，信中提到，綜觀近日各界對翁的進退問題，多持翁啟惠應辭職的看法，審酌各界期待後決定同意，且指派王汎森代理職務，維持中研院正常運作至下任院長產生就任為止，絕不會因翁辭職造成人事動盪。
馬總統信中也回應中研院院士對日前評議會遴選新院長爭議指出，在他與三位候選人面談、徵詢三人對中研院未來發展抱負之前，不宜輕率決定，他將請中研院儘速安排三人來府面會，以便他或蔡英文依法克盡遴選並任命新任中研院長的責任。
府方表示，部分人士質疑中研院新院長遴選過程有爭議，但也有很多人持不同看法，總統府與中研院、銓敘部、行政院開過兩次會議，研究相關法令，最後都認定是遴選過程「有瑕疵，但不到要退回」，因此決定不退回。
民進黨發言人楊家俍說，民進黨尊重馬總統的職權，但中研院是我國最高學術機構，院長人選的圈定是重大人事決定，早在4月間，民進黨便建議總統儘速處理，但此事延宕至今，距離馬總統卸任只剩短短九天，為何會拖延這麼久，總統府應對外說明。
