二戰臨近尾聲，美國計畫對日本投擲原子彈的前數周，長崎市原本完全不在美國轟炸的考慮之列，古都京都才是轟炸的首選城市。史學家說，由於當時的美國戰爭部長史汀生對京都懷有個人的情感因素，才讓京都逃過原子彈爆炸浩劫。一九四五年八月六日和九日，美國在日本的廣島、長崎兩市分別投下原子彈，迫使日本宣布無條件投降，二戰落幕。
在此之前，由美國軍事將領、軍官、科學家組成的「目標委員會」臚列的投彈城市清單，排名第一的是擁有逾兩千佛寺與神道教神社，包括十七個世界遺產的京都。會議紀錄顯示，委員會的理想目標是人口百萬的城市工業區，且形容京都「是個更能體會這項武器不是小玩意的城市」。
英國廣播公司引述史蒂文斯理工學院科學史家威勒史坦恩的話說：「軍方認定京都是理想目標，因為京都從未挨轟過，且是許多大工廠的所在地。科學家也偏愛京都，因為當地有許多大學，他們認為京都人較能體會原子彈不單是另一種新的武器，還稱得上是人類歷史的轉捩點。」
但一九四五年六月初 ，史汀生下令將京都從投彈城市清單剔除，堅稱京都有其文化重要性，不宜成為軍事目標。軍方一直不願捨棄京都，一再重新將它列入，史汀生最後直接找上當時的總統杜魯門。史汀生在他一九四五年七月廿四日的日記中寫道，杜魯門非常同意他的觀點，若不將京都除名，戰後，日本絕不可能和美國善了或修好，且可能倒向俄國人。
就這樣，長崎加入了清單，京都逃過一劫。
雖然京都是最知名的文化古都，其實，廣島、長崎也有其價值資產。威勒史坦恩說，這是為何有人認為史汀生另有個人因素，才會力保京都。
眾所周知，一九二○年代，史汀生出任菲律賓總督時，曾多次造訪京都。史學家還指出，京都是史汀生的蜜月地點，他個人對日本文化推崇有加。
不過，史汀生也是美國拘留逾十萬日裔美人的幕後主使者，因此有人認為京都的救星另有其人。此人是考古學家與藝術史家華納，他建議當局放棄轟炸文化城市。京都、鎌倉兩市都立有華納的紀念碑。
長崎原本也非第二轟炸目標，但因第二目標小倉市八月九日當天天候惡劣無法投彈，長崎才淪為挨轟城市，且這第二顆原子彈的威力大於廣島的原子彈。
美國本打算於八月十九日再投第三顆原子彈，目標據信是東京與皇居。幸好，日本在美國投彈的四天前宣布投降。時至今日，日本人都認為原子彈是終止二戰的必要武器，但若京都被毀，日本天皇被殺，今天或許不會有這麼多日本人願意接受日本於二戰的悲劇命運和所承受的苦難。
