台商應留意大陸官方撤銷高新技術企業資格認定的作法，避免日後的補稅及滯納金風險。台商想盡辦法爭取被認定為高新技術企業，當然是為了企業所得稅25％的稅率可以降到15％；但別忘了，高企認定自發證之日起的三年內，只要被發現有不符合高新條件情況，一旦高企資格被撤銷，將立刻面對以下風險：
1、追繳已享受的企業所得稅優惠
以前年度所享受的企業所得稅率將從15％改為25％，台商需補繳企業所得稅外，還要按日加收萬分之五的滯納金。
2、追繳已享受的先進製造業增值稅加計抵減
地方工信部門會將被吊銷高企資格的企業，列入不再享受增值稅加計抵減政策名單，推送同級稅務部門，稅務部門會要求此前已計提的加計抵減額進行轉出，已實際抵減的稅額需進行追繳。
3、偷稅、刑事處罰
若在申請認定環節發現有弄虛作假、偽造申報文件情況，有可能被稅務機關認定為偷稅，如無法按期補繳全部稅款及滯納金，則可能面臨被以逃稅罪論處的刑事風險。
若台商在明知自己不符合人員、研發、經營收入等情況下，仍通過修改、偽造文件等手段獲取高新技術企業認定，或取得財政補貼款，也有可能被認定為詐騙罪。
4、無法享受財政返還、重新申請限制
一旦被取消高企資格後，台商除無法享受高企的財政返還或扶持政策外，在一定時間內（目前部分地區為五年）都無法再次申請成為高新技術企業。
從過去實務中，已有不少案例證明高企資格被取消的嚴重後果，例如某上市公司年中發布公告，表明公司於2018年進行了高新技術企業資格複審，後來收到《關於公示深圳市2018年第三批擬認定高新技術企業名單的通知》，上市公司未被列入該名單中，也就是高新技術企業資格複審未獲核准，須補繳1月-9月所得稅額人民幣2,200多萬元，引起外界質疑及小股東的不滿。
又例如上海市高新技術企業認定指導小組，於2023年7月27日、10月25日公布《關於公告2023年度上海市第一/第二批撤銷高新技術企業資格的通知》（滬高企認指（2023）007、011）中，共有124家企業被撤銷高企資格，原因是高新收入占比、研發費用占比、科技人員占佔比、創新能力等不符合高新技術企業認定條件，取消資格時間最早為2019年最晚2022年。
最後，在廣東省佛山市順德區人民法院的一份刑事判決書中，提及了許某某的詐騙罪，擔任法人代表許某某與負責申辦高企資格的仲介機構，合謀造假申報高新技術企業並獲取財政補貼，被認定以非法占有為目的，夥同他人虛構事實、隱瞞真相，騙取國家財政補貼，數額特別巨大，最終被定罪為詐騙罪。
台商在取得高企資格後，仍須高度重視高新企業認定後的資質維護，重中之重是針對創新能力、研發項目、研發人員、高新收入等研發過程中的重要資料進行提前準備，以便隨時經得起官方部門的審查。
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