「有海的地方就有華人，有華人的地方就有媽祖廟。」媽祖文化的傳承，記錄著華人篳路藍縷的奮鬥歷史；自宋代以來，媽祖文化從湄洲發祥，伴著漁民、船工、商賈的腳步，向中國乃至全球各地遠播。湄洲媽祖廟作為全球40多個國家和地區、1萬多座媽祖宮廟的祖廟，因而有「東方麥加」之譽，在擴建南軸線景區後，規模更龐大，有「海上布達拉宮」美稱。
湄洲媽祖祖廟位於莆田湄洲島，始建於西元987年，那年的農曆九月初九，年僅28歲的媽祖（林默娘）為救海難而捐軀，島上人民有感於她生前做了許多好事，就在山上為她建了座小小廟宇，奉她為海神，保佑百姓航海平安，也希望世世代代子孫都能學習媽祖精神，多做好事。
「這座小廟就是湄洲祖廟的前身，媽祖信仰從宋代起源，再經歷元朝拓展期、明代遠播期後，到清朝達到鼎盛。」湄洲媽祖祖廟董事會副董事長吳國春介紹，祖廟初期僅「落落數椽」；明代時鄭和下西洋，有兩次代表皇帝來湄洲致謝媽祖，也到島內來擴建媽祖廟，「廊廡益增巍峨」，最後發展到有5座主祀廟宇、16座殿堂樓閣和99間齋舍客房的「海上龍宮」建築群。
但吳國春也指出，經過文化大革命後，祖廟幾乎全毀，僅存聖父母祠和媽祖金身，目前的祖廟是在改革開放後，由海峽兩岸媽祖信徒同心協力，自願捐物捐資，重新恢復起來。如今規模更勝以往，除按過去格局重修的「西軸線」朝拜區，「南軸線」觀光區在2002年建成，是五進仿宋建築群，金碧輝煌、雄偉壯觀，被譽為「海上布達拉宮」。
在西軸線上，從山門、儀門到正殿，由323級台階連綴兩旁的各組建築，氣勢軒昂；323代表的是媽祖誕辰農曆三月二十三日，而後進入主要宮殿群，有太子殿、天后殿、朝天閣、升天樓、梳妝樓等。
太子殿原為朝天閣，由鄭和奉旨建造，清康熙二十二年（西元1683年），閩浙總督姚啟聖奉旨赴台灣頒布第一道詔書前，親自來到祖廟祈求媽祖保佑，最終平安歸來；於是他擲茭聖允，將朝天閣改建為正殿。之後姚啟聖屢建奇功，被朝廷晉升為太子太保兵部尚書，人稱「太子公」，該殿也由此得名。這裡除了香龕中供奉的媽祖外，旁邊還有一尊媽祖神像，是為了讓其他宮廟或信徒請回安座而設。
太子殿雖為官方正殿，百姓仍視天后殿才是「民間最神聖的殿堂」，除供奉宋代雕刻的千年樟木媽祖金身及水闕仙班陪神外，各地分靈廟神像「回娘家」，也都供奉在此。正梁懸掛的清雍正皇帝御筆的「神昭海表」匾額，當年另有同樣的兩塊匾額，分賜給台灣及廈門；另外，門殿石柱上還有莆田明代才子戴大賓所寫的「齊齊齊齊齊齊齊齊齊齊戒，朝朝朝朝朝朝朝朝朝朝音」對聯一副，極具文物價值。
天后宮的後方有「升天古跡」崖刻，為明末清初由祖廟住持僧照乘所題，民間傳說媽祖在此羽化升天，故以此為念。
